1、 处理工艺不合理
为方便管理很多农村生活污水处理工程，选用无动力的“厌氧+人工湿地”处理工艺。该工艺虽然具有运行维护管理方便，投资及运行费用低等特点，但是受季节变化影响较大，气温降低会影响人工湿地正常运行。
低温对有机物和氨氮、总磷的去除影响比较明显，特别是对氨氮、总磷的去除，因此该工艺不适用海拔比较高、冬季温度较低的区域。
2、 设计规模与实际污水量不匹配
“一体化设施”也是农村生活污水处理工程常用的处理工艺，该工艺具有占地面积小、运输安装方便、自动化程度高、能耗低、运行和管理人员少、费用低、处理效果好并且稳定等特点。
但“一体化设施”处理能力一般较小，抗冲击能力较差，农村居民集中区修建的“一体化设施”设计处理能力一般都小于100t/d，瞬时处理能力不足。如果采用“一体化设施”处理工艺的污水处理工程没有单独建设污水调节池，在排水高峰期无法满足瞬时污水处理要求，从而导致部分服务范围内的生活污水直接进入外环境，污染地表水体。
3、 少数运行维护人员素质较差，无法满足日常运行维护要求
农村生活污水处理工程处理能力普遍较小，运行费用有限，为节约运行成本，各运行单位主要就近聘请附近农民对污水处理设施进行运行维护管理。聘请人员素质参差不齐，少数聘请人员责任心不强。虽然运行单位在上岗前会对所有聘请人员进行系统岗前培训，日常工作中也会进行岗位指导，但少数运行维护人员由于技术水平较低，只知道定时定量加药，开进水、出水泵，不知道根据进水水量、水质特征调整处理单元处理时间，造成用水高峰期外排水质不能稳定达标，用水低峰期药品能源浪费。仪器设备是否运行正常也无法进行有效判断和维护，无法满足污水处理工程日常运行维护需要。
4、 配套管网建设不完善
农村村庄缺乏规划，污水分布较分散，涉及范围广、随机性强，同时经济力量较为薄弱，管网建设全部依靠政府财政资金投入，而管网建设资金在整个污水治理工程中一般要占到70%以上，并且在建设过程中存在重视污水处理工程的建设，而轻视管线、管网的建设现象。此现象造成大部分农村生活污水处理工程配套管网建出现不同程度的延迟，污水接入率低，管网质量差，漏损严重，导致农村生活污水处理工程不能很好地发挥应有的作用。
5、运行经费不足
不少农村在政府主导下投资兴建了污水处理工程，但在后续的运行管理过程中，由于财政投入不足，导致污水处理工程缺乏必要的运行维护人员，甚至无运行维护人员进行管理，污水处理工程从建设起就处于荒废状态。