家畜家禽屠宰业也蓬勃发展起来。但是屠宰废水一般都含有大量的油脂、血污、内脏杂质等有机物，COD 较高，如果直接排放必然会引起水环境的破坏。目前国内对于屠宰废水的处理经常采用微生物处理的方法。但是由于屠宰废水水量和水质不稳定，随着屠宰数量和时间波动剧烈，同时COD 较高，需要较长的工艺路线才能使其稳定和无害化。
目前，屠宰废水最经济有效的处理技术为：以生物法为主，辅助必要的物理、化学等方法作预处理。
厌氧生物处理成本低，但不能较好地去除氨氮，故对于出水水质要求较高的情况下，通常经过厌氧处理后，还需进行好氧处理或采用化学法去除氨氮才能达到水质排放要求。
好氧法不仅可以获得很高的CODcr去除率，而且还可以去除氮、磷，但成本很高，所以对于高浓度屠宰废水，通常首先经厌氧生物法处理，然后使用好氧法处理，综合使用厌氧和好氧生物法的优点，可以获得高CODcr去除率，同时去除氮、磷，还降低成本。
在强化脱氮方面，较为前沿且适宜扩大规模形成的工艺，主要有同步硝化-反硝化及厌氧氨氧化，这2种工艺均可以达到去除NH4+且无大量NO3–-N及NO2--N生成，而使TN有效去除；并且无需回流等工艺，可以大幅度降低脱氮成本。
在深度除磷方面，现行方法主要为在原有微生物好氧吸磷后排泥除磷的基础上，后续添加吸附材料或化学药剂，通过物理化学方法进一步去除废水中的磷，但化学药剂无法循环利用，因此，吸附材料的研发及重复利用是目前的主要发展方向。